Xã Phú Ngãi Trị dược Thống đốc LaGag ký sắc lệnh sáp nhập nhiều làng lại thành cấp xã vào 29/11/1923. Theo đó, ba làng là làng Phú Xuân, Ái Ngãi và Bình Trị được sáp nhập lại thành xã Phú Ngãi Trụ thuộc Châu Thành tỉnh Tân An.

Từ sau Cách mạng tháng 8 năm 1945 đến kháng chiến chống Pháp xã Phú Ngãi Trị thuộc huyện Châu Thành tỉnh Long An.

Đến tháng 6/1951 các xã dưới lộ 16 của các  huyện Thủ Thừa và Châu Thành được nhập thành huyện Vàm Cỏ, các xã trên lộ 16 thì nhập thành huyện Thủ Thừa. Xã Phú Ngãi Trị thuộc huyện Vàm Cỏ.

7/7/1977 Châu Thành vàTân Trụ sáp nhập thành huyện Tân Châu. 1979 đổi tên huyện Tân Châu thành huyện Vàm Cỏ. 1989 tách huyện Vàm Cỏ thành huyện Châu Thành và Tân Trụ. Trong suốt quá trình đó xã Phú Ngãi Trị luôn là một xã của huyện Tân Châu rồi Vàm Cỏ- Châu Thành tỉnh Long An.

Từ 6/2007 dến nay xã Phú Ngãi Trị có 5 ấp: Ái Ngãi, Bình trị 1, Bình Trị 2, Phú Xuân 1, Phú Xuân 2.

Trải qua hàng trăm năm lịch sử, từ một vùng hoang vu với nhiều thú dữ, đến nay Phú Ngãi Trị đã có nhiều sự thay đổi cả về diện mạo lẫn hành chính. Ngày nay, dưới sự lãnh đạo của Đảng và Nhà nước, toàn dân xã Phú Ngãi Trị đang góp sức cùng những địa phương khác thuộc huyện Châu Thành, tỉnh Long An xây dựng đời sống ngày càng tốt đẹp hơn.